Politeknik Negeri Fakfak (POLINEF) berdiri berdasarkan launching yang dilaksanakan di Gedung Wintder Tuare pada tanggal 18 Oktober 2012 di Kabupaten Fakfak dan sesuai Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 68 tahun 2012 tanggal 29 Oktober 2012 Tentang Pendirian, Organisasi, dan Tata Kelola Politeknik Negeri Fakfak. Pendirian Politekni Negeri Fakfak di prakarsai oleh Bupati Fakfak Drs. Mohammad Uswanas, M.Si dan peletakan batu pertama pendirian oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Djoko Santoso.
Mulai tahun 2012/2013, Polinef menyelenggarakan Pendidikan Vokasional Program D3, yang terdiri dari Program Studi Teknik Perawatan dan Perbaikan Mesin, Program Studi Teknik Sipil, dan Program Studi Manajemen Informatika. Pada tahun2016 Poinef menambah 2 program Studi baru yaitu: Program Studi Teknik Listrik dan Program Studi Agroindustri. Tahun 2015 dan 2016 Polinef telah menamatkan (wisuda) mahasiswa pertama, dan angkatan kedua sejumlah 54 orang pada tahun 2015, dan 85 orang pada tahun 2016.